Fue la primera institución encargada de la salud pública y de la formación de médicos en el entonces Virreynato del Río de la Plata, significando el comienzo de la preocupación del Estado por la higiene pública, responsabilidad que hasta ese momento recaía en los vecinos a través de sus asambleas o cabildos.
El Protomedicato era un cuerpo técnico encargado de regular el ejercicio del “arte de curar” sobre bases éticas y jurídicas y atender a la formación de profesionales; constituyendo el primer antecedente de nuestros actuales Colegios Profesionales.
El Protomedicato contaba además con un tribunal especial para castigar las faltas cometidas por los facultativos y perseguir a los curanderos, fijaba aranceles para exámenes y visitas de boticas, regulaba multas, administraba y distribuía esos fondos entre sus miembros o los aplicaba a la finalidad que mejor le parecía.
Como los estudios de medicina no lograban atraer interesados a la región del Plata, y muchos estudiantes no daban las últimas materias porque de recibirse estaban obligados a prestar su ayuda en las guerras de la independencia, en 1801 se creó la primera Escuela de Medicina y en 1822 el Departamento de Medicina de la Universidad de Buenos Aires.